В ходе ВНП налоговая может запрашивать любые документы, имеющие (по мнению рука ВНП) значение для результатов проверки
Достаточно часто запрашивают документы о квалификации, о наличии техники, транспорта, помещений и т.п. - чтобы доказать, что подрядчик не имел реальной возможности выполнить работы, оказать услуги, поставить товар...
Другой вопрос - у кого именно запрашивают документы. Если у проверяемой организации просят предоставить документы на сотрудников подрядчика - это неправомерно, пишите письмо об отсутствии у вашей организации таких документов и невозможности их предоставить. Если запрашивают непосредственно у подрядчика - правомерно, но на результаты проверки это будет влиять только в том случае, если для выполнения конкретных работ требуется специальная квалификация (например, работник, оформленный как водитель большегруза, должен по умолчанию иметь права категории С или Е). Если специальных требований нет (строители, инженеры и прочие специальности) - можно смело писать, что организация у работников дипломы не требует.
Относительно документов о согласовании цены - отпишите про договор, который обсуждался сторонами перед подписанием. Если это стройка и т.п., можете приложить черновой вариант сметы или расчёта стоимости