Если в одном субъекте, то в территориальном отделе Роскомнадзора, например, по Москве и Московской обл.
http://77.rsoc.ru/smi/
Здесь вся инфа по пакету документов.
Все достаточно просто, если очень внимательно следовать инструкции и не перепутать с гос. пошлиной.
За государственную регистрацию СМИ, продукция которых предназначена для распространения преимущественно на территории субъекта Российской Федерации, района, города, иного населенного пункта, района в городе, микрорайона, территории муниципального образования (заявление подается в территориальные органы Федеральной Службы) уплачивается государственная пошлина в следующих размерах:
-периодического печатного издания – 2 000 руб.;
-информационного агентства -2 400 руб.;
-радио-, теле-, видеопрограммы, кинохроникальной программы, иных средств массовой информации – 3 000 руб.
При этом размер государственной пошлины:
1) при регистрации СМИ рекламного характера - увеличивается в 5 раз.
И лучше с тетями пробежаться по заявлению на личном приеме заранее до подачи.