Отсутствует в ЕГРЮЛ УК и номинальные доли участников, вместе с тем сменились паспортные данные

я бы сделал так:
1. подать на внесение новых паспортных данных директора 14 старую
2.через 3-5 дней подать на исправление ошибки (14 старую+ форма в которой допущена ошибка) - но тут можно не разобраться при каких изменениях допущена ошибка
3.после получения п.3 подать приведение в соответствие по 13 новой вместе с изменением паспортных данных участника по 14 старой (или 14 новой, если не страшно)

Добавлено через 3 минуты 57 секунд
В вашем случае лучше всего подать через управление и канцелярию 46 запрос на исправление ошибки с долей и УК - поскольку и так ясно, что это не ваша ошибка, а налоговой и подать 14 старую на изменение паспортных данных директора, после чего месяцев 3-6 ждать исправления ошибки и уж потом приводиться в соответствие
Поскольку, если первый раз, то на исправления форму может и не получиться заполнить