Получается нарушаем срок подачи документов, боюсь опять могут отказать.
Даже если считать это нарушением срока, то могут не отказать, а оштрафовать на 5000 руб. Отказ по такому основанию незаконный.
Если боитесь придирок к дате, то решение можно вообще не делать и не сдавать. Это не изменение устава (Вы указали, что адрес меняется в пределах одного населенного пункта). По закону и Уставу, такие решения не нужны. Мы не всегда их делаем, если изменения касаются только адреса, а не устава. В 46-й инспекторы на приеме иногда спрашивают про решение, но отказов по такому основанию все равно не делают.
Конкретно по Вашей ситуации: не исключено, что территория обманывает. У меня такое было, когда территория говорила, что к ним никто не обращался, а 46-я зачитывала их ответ на разборе, что это они адрес не подтвердили.
Но даже если взять за правду, что территория не врет и что 46-я сама решила отказать, то что тогда даст приход Вашего директора в территорию? Да, он им докажет, что он не номинал и что адрес реальный. Но решение принимает регистрирующий орган, и что мешает 46-й снова не делать запроса в территорию? Сама территория в 46-ю не будет звонить/писать - только ответ на запрос.
Поэтому если адрес реальный, то только обжалование может дать более-менее высокие гарантии. Жалобу можно подать параллельно, если Вы пошли по варианту 2. После жалобы районные налоговые даже предлагают такой вариант урегулирования спора: да, это мы в прошлый раз погорячились, заберите жалобу, а мы 100% подтвердим адрес, тем более комплект у вас заново подан. То есть жалоба - это дополнительная гарантия, что повторный пакет одобрят.