Пришлось подольше покопаться и кажется я нашёл, почему Минюст так считает:
п. 2 ст. 123.5 ГК РФ. Учредители и устав общественной организации
"Устав общественной организации должен содержать сведения о ее наименовании и месте нахождения, предмете и целях ее деятельности, а также условия о порядке вступления (принятия) в общественную организацию и выхода из нее, составе и компетенции ее органов и порядке принятия ими решений, в том числе по вопросам, решения по которым принимаются единогласно или квалифицированным большинством голосов, об имущественных правах и обязанностях участника (члена) организации и о порядке распределения имущества, оставшегося после ликвидации организации".
Таким образом, поскольку контрольно-ревизионные органы предусмотрены в ОО законом и уставом, то нужно при регистрации указывать и их состав (в законе об ОО этого не требовалось, но положения ГК РФ приоритетнее), т.е. кто конкретно назначен при учреждении. Соответственно, назначаем из учредителей. А учредители автоматически становятся членами ОО.
Видимо как-то так.