не успели оспорить размер требований кредитора

Практика неоднозначна по этому поводу.

Некоторые суды считают, что подать заявление об исключении из реестра может только тот кредитор, чьи требования исключаются из реестра. Обосновывая тем, что разногласия по требованиям кредиторов, подтвержденных решением суда в части состава и размера, не подлежат рассмотрению арбитражным судом, поскольку направлены на пересмотр вступившего в силу судебного акта. И говорят, что другие участники должны оспаривать первоначальное определение о включении (к примеру, по вновь открывшимся основаниям). К примеру, Постановление Семнадцатого арбитражного апелляционного суда от 25.01.2013 по делу N А60-37155/2010
В Вашем случае плохая позиция, т.к. тяжело будет обосновать, что оплата – вновь открывшееся для должника основание. Для временного управляющего – да, вновь открывшееся.


Другая точка зрения - если конкурсный управляющий пренебрегает требованиями закона и не вносит соответствующие изменения в реестр требований кредиторов должника, иное лицо, участвующее в деле о банкротстве, вправе обратиться в арбитражный суд с заявлением об исключении требований кредитора из реестра требований кредиторов. В этом случае суд не пересматривает судебный акт, которым требования такого кредитора были включены в реестр, а рассматривает правомерность нахождения данного кредитора в реестре после возникновения оснований, в связи с которыми заявитель просит данные требования исключить.
К примеру - Постановлении ФАС Северо-Западного округа от 22.04.2014 по делу N А42-2832/2012.