Выход учредителя из общества: месяц или 3 дня?

Для Вас еще применима, на мой взгляд, норма п. 6 ст. 24 Закона 14-ФЗ об ООО

6. Орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц, должен быть извещен о состоявшемся переходе к обществу доли или части доли в уставном капитале общества не позднее чем в течение месяца со дня перехода к обществу доли или части доли путем направления заявления о внесении соответствующих изменений в единый государственный реестр юридических лиц и документа, подтверждающего основания перехода к обществу доли или части доли. В случае, если в течение указанного срока доля или часть доли будет распределена, продана или погашена, орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц, извещается обществом путем направления заявления о внесении соответствующих изменений в единый государственный реестр юридических лиц и документов, подтверждающих основания перехода к обществу доли или части доли, а также их последующих распределения, продажи или погашения. Документы для государственной регистрации предусмотренных настоящей статьей изменений, а при продаже доли или части доли также документы, подтверждающие оплату доли или части доли в уставном капитале общества, должны быть представлены в орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц, в течение месяца со дня принятия решения о распределении доли или части доли между всеми участниками общества, об их оплате приобретателем либо о погашении.
Указанные изменения приобретают силу для третьих лиц с момента их государственной регистрации.

Мы никогда по участникам не ставили цель уложиться в 3 дня. Если при предоставлении документов Вы полагались на норму Закона, привлекать к административной ответственности неправомерно (да Вас еще и не привлекли).
Укажите ссылку на статьи в объяснениях.

Vitaliaf, а Вы не могли бы выложить скан письма ФНС? На моей практике такое впервые.

Vitaliaf, а когда Вы заверяли заявление и от какого числа было решение?
Скорее всего, они и начали исчислять срок именно с даты заверки.
Но для меня такое знание закона Вашей ИФНС стало настоящим открытием. Я, если честно, никогда и не обращала внимание на требования этого пункта , впрочем, как и налоговые в которые я обращалась.

можно попробовать заявить, что закон об ООО является специальным законом и имеет приоритет перед законом о госрегистрации:

При несовпадении общей и специальной норм, принятых в разное время, ими в первую очередь применяется правило «lex specialis derogat lex generalis».
Верховный Суд РФ в решении от 7 августа 2001 г. № ГКПИ 01-1167 подчеркнул: «При наличии специальной нормы, регулирующей конкретные отношения, применяются положения этой специальной нормы».
Конституционный Суд РФ в Определении от 5 октября 2000 г. № 199-О указал: «В соответствии с общими принципами права в случае коллизии норм, регулирующих одни и те же общественные отношения, применению подлежат нормы закона, принятого по времени позднее, при условии, что в нем не установлено иное, при этом приоритетом над общими нормами обладают специальные нормы».
п. 2 Постановления Пленума Верховного Суда РФ N 90, Пленума ВАС РФ N 14 от 09.12.1999 "О некоторых вопросах применения Федерального закона "Об обществах с ограниченной ответственностью
«Судам необходимо иметь в виду, что круг вопросов, указанных в приведенных нормах Закона и Кодекса, по которым особенности правового регулирования названных в них обществ могут устанавливаться в иных федеральных законах, является исчерпывающим. По другим вопросам, в том числе связанным с гарантиями и способами защиты прав участников обществ (кроме кредитных организаций, созданных в форме обществ с ограниченной ответственностью), применяются общие положения Закона.»
п.1 ст.1 закона об ООО Настоящий Федеральный закон определяет в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации правовое положение общества с ограниченной ответственностью, права и обязанности его участников, порядок создания, реорганизации и ликвидации общества.

ГК РФ устанавливает приоритет норм закона об ООО
п. 3 ст. 87 ГК РФ Правовое положение общества с ограниченной ответственностью и права и обязанности его участников определяются настоящим Кодексом и законом об обществах с ограниченной ответственностью.

Vitaliaf,
В дополнение к уже написаному:
Статья 23. Приобретение обществом доли или части доли в уставном капитале общества
6.1. В случае выхода участника общества из общества в соответствии со статьей 26 настоящего Федерального закона его доля переходит к обществу. Общество обязано выплатить участнику общества, подавшему заявление о выходе из общества, действительную стоимость его доли в уставном капитале общества, определяемую на основании данных бухгалтерской отчетности общества за последний отчетный период, предшествующий дню подачи заявления о выходе из общества, или с согласия этого участника общества выдать ему в натуре имущество такой же стоимости либо в случае неполной оплаты им доли в уставном капитале общества действительную стоимость оплаченной части доли.
7.1. Документы для государственной регистрации соответствующих изменений должны быть представлены в орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц, в течение месяца со дня перехода доли или части доли к обществу. Указанные изменения приобретают силу для третьих лиц с момента их государственной регистрации.

вот такой ответ дала ФНС