В соответствии со ст. 55 ГК - Филиалы должны быть указаны в учредительных документах создавшего их юридического лица. Вам необходимо сначала внести изменения в Устав, принять положение о Филиале, назначить директора филиала, зарегистрировать эти изменения в ГУФРС (вашего субъекта) и только после этого подавать документы в налоговый орган, по месту открытия филиала.