А в новой программе, какую форму выбираете? Там же невозможно выбрать Р38001.
У меня такая же ошибка возникла, старая программа не признает сертификат от ФНС и не хочет подписывать им документы.
В итоге подписал подписью от ФЛ.
А потом вручную пересобрал контейнер - удалил оттуда все подписи...