С 04 июля коды по ОКВЭД вносятся только 4-значные, при этом факт того, что в ЕГРЮЛ остались трехзначные, Вас беспокоить не должен. Если это необходимо, Вы сможете трехзначный исключить, также с помощью формы 14001.
Что касается самой формы. Основной код нужно указывать, если он у Вас меняется...