Я бы поступил следующим образом:
1) Директор желающий уволится должен уведомить работодателя за месяц
2) Директор пишет заявление об увольнении и отправляет почтой россии на адрес общества и по месту нахождение участника, который он знает, а если учредитель в доступе на заявление об увольнении пусть поставит свою отметку что заявление принято.
Вообщем по большому счету все, процедура соблюдена юридический факт имеется. Дальше это не проблема директора, основополагающим фактором в данном случае будет являться соблюдение процедуры а не запись в ЕГРЮЛ. Ну а если вдруг ( теоретически) директора попросят по какого нибудь поводу. У него на руках документы, что он документы отправлял об увольнении, физически обществом не управлял, а то что не поменяли не его проблема. Для верности если через месяц участник не поменяет, можно будет на недостоверность сведений подать (38 или 34 форма не помню) Заморачиваться с альтернативной сменой ( скажем культурно) необходимости не вижу.