Всегда пишу территориальную, и все замечательно проходит. Вопрос в том, что 46-ая - регистрирующий, а не налоговый орган, а вот территориальная уже то, что надо.
А по поводу того, что многие контрагенты действительно отказываются работать без НДС, это так. Но какие причины на это я, к сожалению, сама не знаю. Но у нас тоже большинство фирм регистрируется с ЕСН из-за этого.