Смена ген. дир. в московском филиале ООО

Если Вы имеете ввиду филиал, как обособленное подразделение, то:
Филиал не является юридическим лицом,
Руководитель филиала является лицом, действующим на основании доверенности, выданной руководителем головной организации.
46-й вообще нет дела до обособленных подразделений. Головная компания ставится на учет в налоговом органе по месту нахождения ОП.
Просто принесите в налоговый орган по месту нахождения филиала приказ об увольнении старого руководителя филиала, приказ о назначении нового и доверенность на него.
Пошлина, соответственно, не платится.