Договор не подписан, но оплата по нему произведена

Слишком мало информации к размышлению.
Что за договор, каковы его предмет и условия? Есть ли еще какие-то документы, подписанные сторонами?

MaximSRO написал(а):

факт оплаты по договору согласием заказчика с договором

Нажмите для раскрытия...

Если это не оферта с условием ее акцепта путем оплаты, то нет, однозначно так сказать нельзя.
Может быть контрагент согласен с ценой и объемом услуг, а сроком их оказания не согласен.

MaximSRO написал(а):

Считается ли факт оплаты по договору согласием заказчика с договором?

Нажмите для раскрытия...

Скорее нет, чем да. Но главный вопрос для чего это Вам? У вас уже спор возник или просто непонятка? Сталкивался с такой ситуацией уже не раз, но до суда не доходило, а вот до полиции да. Деньги можно вернуть как ошибочный платеж, либо договорится и подписать документ в том числе новую редакцию.

Лучше все же договор подписать, а потом выполнять обязательства. Вышлите контрагенту письмо ,что не получили подписанного договора, поэтому сомневаетесь в назначении оплаты.
Непонятно, как повернется, если будет спор.
Определение Верховного Суда РФ от 24.11.2016 N 305-ЭС16-14828 по делу N А40-93008/2015
Постановление Арбитражного суда Московского округа от 08.02.2021 N Ф05-22438/2020 по делу N А40-36448/2020
Постановление Арбитражного суда Поволжского округа от 26.05.2020 N Ф06-59868/2020 по делу N А55-11086/2019