Поменять одного на другого в реестре ЕГРЮЛ не получится, поскольку Фонд - это организационно-правовая форма, не имеющая членства. В ЕГРЮЛ там организация значится как учредитель. Вывести учредителя, допустим, можно, но поменять, думаю, вряд ли.
С другой стороны, можно зарегистрировать новую редакцию устава (устав с изменениями и дополнениями), где указать новое юр. лицо, но ФРС потребует документы, подтверждающие что, как и почему. Если принесете протокол, где будет указано: "вывести одного из состава учредителей и ввести другого" - будет отказ, так как учредителем можно быть только один раз - при принятии решения о создании организации. Об этом уже писалось тут на формуе.