При поступлении из ЗАГСа сведений о смерти - в ЕГРИП автоматически будет внесена запись о прекращении деятельности. Причем дата этого прекращения будет равна дате смерти. И в налоговой он этой же датой будет снят с учета.
Ну справку можно в налоговой получить. Только вот вряд ли ее дадут постороннему человеку (хоть и близкому родственнику). А вот по запросу нотариуса, который наследством занимается, без проблем.