Думаю, вы все знаете платформу для банк-клиента "ibank2". Для нее сейчас пишется программа, которая умеет:
сама проверять с заданной периодичностью платежи
отсылать уведомления о платежах в нужной форме на e-mail
класть файл с новыми платежами в формате 1С (возможно и другом) в нужное место...