Сколько раз у нас такое было, всегда фонды сами направляли дела в новые фонды без каких-либо запросов. Обычно это долго длилось и возникали задержки с отчетами, т.к. в старом ПФР, например, компании уже нет, а в новом ПФР компании еще нет.
Но, нужно звонить постоянно, все уточнять.