А почему должно быть обременение???
И где (в каком документе) производиться операция "внесение записи о зачислении неоплаченных акций на лицевой счет эмитента"?
Акции не были оплачены в момент регистрации общества (=момент размещения), именно поэтому имеем обременение. Гляньте Постановление ФКЦБ от 30.08.2001 г. № 21, которое регулирует порядок учета в системе ведения реестра не полностью оплаченных акций, там все прописано. в т.ч. и что случится если они не будут оплачены в установленный срок.
По поводу записи - это не просто строчка в каком-то одном документе, это совокупность действий. Через журнал входящих проходит распоряжение эмитента (документ-основание для этой операции), затем отражается в регистрационном журнале, открывается лицевой счет эмитента, вносятся записи на лицевой счет акционера (о списании акций, соответственно) и на лицевой счет эмитента (о зачислении, соответственно).