Тебе все правильно написали!
Все зависит от налога, если это земельный или транспортный налог - то камералку проводить будет Краснодарская ифнс. Если же филиал сдает декларацию по месту нахождения головной организации, к примеру НДС, то камералку проводить будет Московская ифнс.