Я так понимаю, ИП Иванов и гражданин Иванов - одно и то же лицо?
Что касается налоговых последствий, то у ООО они одни и те же и при получении денег от ИП, и от гражданина физика - 6% налога с доходов.
Вот ИП будет затруднительно принять к учету расходы по услугам, оказанным по документам не ИП, а физику (если ИП на УСН 15 или, не ровен час, на ОСНО).