Зависит от того на какой стадии сейчас находится процедура ликвидации, степени активности таможни и отношения регистрирующего органа.
Если таможня уже вынесла постановление о ктс , сделала требование об уплате, то может обозначаться в качестве кредитора и обращаться с требованиями к ликвидатору (ликвидационной комиссии) либо просто или параллельно обращаться к регоргану с сообщением о наличии задолженности с просьбой не регистрировать ликвидацию (в последнеем - зависит от регоргана, формально, ему такое обращение безразлично, но, если встретится "кто-то умный", могут счесть ПЛБ и ЛБ недостоверным и отказать в регистрации).
Однако, не факт, что таможня именно так и сделает, могут сосредоточить усилия на вручении постанолвления и требований, плюс составлять протоколы об уплате штрафов и штрафов за неуплату штрафов...
+ следует учитывать, что ликвидация при явном игнорировании требований кредитора может привести как к отмене ликвидации потом, так и к переложению ответственности по долгам на ликвидатора, который провел такую ликвидацию (на то есть правовые позиции Президиума ВАС)