Разница в том, что филиал и его головная организация имеют раздельные балансы, а также организация с филиалом не имеет право применять УСН, а организация с ОП может применять УСН и иметь единый баланс.
Вообще понятие "ОП" - родом из Налоговго кодекса, а понятие "филиал" из Гражданского кодекса.
По идее если создаете филиал, то обязаны регить ОП.
Однако если регите ОП, то не обязательно создавать филиал.