я не буду вас путать, ибо в настоящее время пока с этим гадским кадастровым учетом не часто сталкиваюсь (спасибо тебе , Господи).
но выскажу как предположение, которое можно попробовать проверить:
реконструкция может быть ни при чем.
может дело было так:
был объект недвижимости склад У, разделенный перегородками, имеющий разные входы, площадью 100 кв м .
мы приняли решение разделить этот склад на два объекта недвижимости: склад А площадью50 кв м и склад Б площадью 50 кв м .
обратились за регистрацией прав на склад А и склад Б. в момент регистрации прав на эти два склада перестал существовать объект недвижимости склад У.
таким образом, я бы на Вашем месте, получив справку о снятии этого вашего здания с кадастрового учета, сделала бы предположение, что это здание было разделено решением собственника на объекты недвижимости "помещение 1 " "помещение 2" что то типа такого.
для того чтобы проверить это предположение я :
а) заказываю выписку из ЕГРП на здание (в бумажном виде).
б) нахожу человека имеющего доступ к сведениям егрп и задаю вопрос: не производилось ли изменение объекта ? если да - то какие объекты возникли в результате раздела/выдела?