В бывшем РО ФСФР в ЮВР (Самара), и буквально недавно для СБР по ФР (Москва) госпошлину мы оплачивали от имени ДИРЕКТОРА, а принадлежность денежных средств юридическому лицу подтверждали так, готовили:
1. Расходный кассовый ордер директору с назначением платежа "Для уплаты госпошлины за ЗАО "___" за регистрацию выпуска акций
2. Авансовый отчет, в котором подотчетное лицо отчитывается за полученные деньги с указанием реквизитов квитанции.
Таким образом на регистрацию акций Вы отправляете:
1. Оригинал квитанции на уплату госпошлины
2. Заверенную копию расходного кассового ордера
3. Заверенную копию авансового отчета.
дополнительно можете написать письмо-пояснение, "Направляем документы, подтверждающие, что государственная пошлина за регистрацию акций ЗАО "____" была уплачена за счет средств ЗАО"___"
Для надежности созвонитесь с СБР по ФР: они не кусаются (по крайней мере в Самаре нам адекватно отвечали)