Согласно ст. 20 Основы законодательства РФ о нотариате - лицо, замещающее временно отсутствующего нотариуса, наделяется полномочиями нотариуса органом юстиции совместно с нотариальной палатой по предложению нотариуса из числа лиц, имеющих высшее юридическое образование, прошедших стажировку сроком не менее одного года в государственной нотариальной конторе или у нотариуса, занимающегося частной практикой, сдавших квалификационный экзамен, и имеющих лицензию на право нотариальной деятельности, для исполнения его обязанностей на период временного отсутствия.
Подтверждением полномочий ИО является приказ, изданный органом юстиции.
Проверить полномочия можно здесь
http://www.notary.ru/people/search.php
Optima, в Вашей ситуации либо исполняющая обязанности начала работать до того, как приказ был издан, либо срок ранее изданного приказа уже истек и это упустили из виду.
Тут судиться с ИФНС можно разве что у ИО действительно все в порядке с подтверждением полномочий. попросите у нее копию приказа о наделении полномочий и если там все в порядке - смело опротестовывайте отказ. А вот если приказа нет - предъявите требования к нотариусу о возмещении затрат.