ГК, ч. 4. Статья 1474. Исключительное право на фирменное наименование
3. Не допускается использование юридическим лицом фирменного наименования, тождественного фирменному наименованию другого юридического лица или сходного с ним до степени смешения, если указанные юридические лица осуществляют аналогичную деятельность и фирменное наименование второго юридического лица было включено в единый государственный реестр юридических лиц ранее, чем фирменное наименование первого юридического лица.
4. Юридическое лицо, нарушившее правила пункта 3 настоящей статьи, обязано по требованию правообладателя прекратить использование фирменного наименования, тождественного фирменному наименованию правообладателя или сходного с ним до степени смешения, в отношении видов деятельности, аналогичных видам деятельности, осуществляемым правообладателем, и возместить правообладателю причиненные убытки.
Регорган не правообладатель, поэтому никакого права отказать в регистрации они не имеют.
Смотрите еще Постановление Пленума Верховного Суда РФ N 5, Пленума ВАС РФ N 29 от 26.03.2009 г. "О некоторых вопросах, возникших в связи с введением в действие части четвертой Гражданского кодекса Российской Федерации"
п. 60:
Судам следует иметь в виду, что в силу пункта 4 статьи 1474 ГК РФ требование прекратить использование фирменного наименования, тождественного фирменному наименованию правообладателя или сходного с ним до степени смешения, в отношении видов деятельности, аналогичных видам деятельности, осуществляемым правообладателем, и возместить правообладателю причиненные убытки может заявить только правообладатель. Органу, осуществляющему государственную регистрацию юридических лиц, на основании пункта 5 статьи 1473 Кодекса предоставлено право предъявить в суд только иск о понуждении к изменению фирменного наименования и только в том случае, если фирменное наименование юридического лица не соответствует требованиям пунктов 3 или 4 этой статьи.
Иным лицам право требования от юридического лица прекращения нарушения положений параграфа 1 главы 76 ГК РФ Кодексом не предоставлено.
