В отказе всегда есть главная причина и есть остальные так сказать для усиления. не совсем понятно что за пропуск срока по закону. Наверное ссылались на закон от 2003г. по которому такие старые об-ва должны были подать документы на регистрацию до 25.12.2004г. (могу ошибиться на год) но это не важно. (об-во у вас от 1994г. и наверное имеется ввиду первичное размещения путем распределения акций среди учредителей) Главная причина в том что получается что вы именно этот срок пропустили, так если это так то это неустранимая причина скольку туда документы не подавай. Удивительно, что их вообще рассматриваю. Раньше возвращали без рассмотрения. Наверное раз платежку 1000 руб. оплатили вот они ее честно и отрабатывают. А то если без рассмотрерия вернут, то тогда по вашему письму и гос. пошлину надо назад вернуть вам. А так не за что возвращать, честно отработано.