На общем собрании принять решение о деноминации уставного капитала и долей участников. Примерная формулировка: "В связи с деноминацией 1998г. определить уставный капитал Общества в размере 5 500 рублей. Уточнить номинальные стоимости долей участников: ФИО - доля номинальной стоимостью ___ рублей, что составляет __% уставного капитала...".
Хорошо если при внесении в ЕГРЮЛ был указан реальный размер уставного капитала (без лишних нолей), тогда просто изменения в устав.
Если в ЕГРЮЛ УК не деноминирован, налоговики (если не разберутся) могут выдать отказ. Тогда либо судиться с ними, либо идти по процедуре уменьшения УК (с уведомлениями кредиторов и публикацией).