Таки вроде все понятно,
Министерство разъясняет, ознакомьтесь:
- письмо Министерства экономического развития от 16.07.2014 № Д28И-1356 "О разъяснении положений Федерального закона от 05.04.2013г. № 44-ФЗ"
- письмо Министерства экономического развития от 07.07.2014 № Д28И-1199 "О разъяснении положений Федерального закона от 05.04.2013г. № 44-ФЗ"
Смысл в том, что на заказчик сам определяет в положении о закупках варианты: или не более 2х миллионов годового объема закупок или не более 5% от общего объема закупок, но не превышая порог 50 миллионов.
Надеюсь помог.