если это сделали недавно (где-то июля 2013 г. кажется) то это очень мягко говоря некорректно сделали, т.е. с нарушением законодательства зарегистрировали, как только налоговая это пропустила в обход требований 129-фз вам на беду. Сперва МУП должен был зарегистрировать выпуск акций создаваемого АО, потом зар-ть преобразование, потом зарегистрировать отчет об итогах. (если это было сделано давно в смысле МУП в АО зарегили преобразование скажем в 2012 году или ранее) то тогда вполне можно зарегить выпуск акций и отчет одновременно, типа тогда действовали другие стандарты и другой 129-фз
вот из ст. 14 док-ты, представляемые при реорганизации:
з) документ, подтверждающий присвоение выпуску или выпускам акций государственного регистрационного номера или идентификационного номера, в случае, если юридическим лицом, создаваемым путем реорганизации, является акционерное общество. Требования к форме указанного документа устанавливаются Банком России;
(пп. "з" введен Федеральным законом от 29.12.2012 N 282-ФЗ, в ред. Федерального закона от 23.07.2013 N 251-ФЗ)
а нельзя ли ликвидировать это АО и снова начать преобразование как положено? хотя конечно это практически невозможно видимо
