Только учтите, что ничего Вам данная проверка не дает, поскольку никто не застрахован, что с того момента как выпосмотрели nalog.ru и до момента принятия решения о госрегистрации где-либо в РФ не будет зарегистрирована НКО с подобным (сходным до степени смешения) наименованием. К тому же Минюст на базу налоговой не ориентируется при проверке наименований - у них собтвенный ведомственный реест и свои учетные номера. По нему они и проверяют наименование.