Особых противоречий между законом, уставом и договором не видно.
В законе и уставе сказано про необходимое число голосов для принятия решений, а не о том, как должны голосовать участники; в корпоративном договоре - про то, что конкретные участники обязались голосовать определённым образом ("единогласно") на общем собрании участников общества, а не о том, каким числом голосов собранием принимаются решения.
Кроме того, здесь применимо также правило п. 7 ст. 67.2 ГК РФ: "Стороны корпоративного договора не вправе ссылаться на его недействительность в связи с его противоречием положениям устава хозяйственного общества".
Всё дело в корявой формулировке "единогласно" в сочетании со "все вопросы решаются". Обычно участники договариваются голосовать единогласно за или единогласно против по конкретному вопросу, либо некоторых участников обязывают через корпоративный договор голосовать согласованно с другим участником, как ему надо, по разным вопросам. Иначе не понятно, кто нарушил договор, если не будет "единогласия".
Если нет желания признавать данное положение договора недействительным, то как вариант решения ситуации - объединившимся учредителям как-либо ввести нового участника из своих (подарить микродолю, например) и принять с ним решение об избрании нового директора.
Единогласия не будет - из-за сопротивления нынешнего директора, тем самым он тоже виноват в нарушении договора, у него будет шаткая позиция для обоснования иска о признании факта нарушения договора со стороны других участников или самого решения недействительным, особенно если он ещё препятствовал проведению общего собрания участников.
А голосование нового участника дополнительно поможет не попасть на п. 6 ст. 67.2 ГК РФ: "Нарушение корпоративного договора может являться основанием для признания недействительным решения органа хозяйственного общества по иску стороны этого договора при условии, что на момент принятия органом хозяйственного общества соответствующего решения сторонами корпоративного договора являлись все участники хозяйственного общества".