Имущественный вычет при продаже доли в ООО

[yagodka_8408]

Добрый день!
Физ.лицо продало в 2016 году долю в уставном капитале ООО, которой владело более 10 лет.
Бухгалтером было подано в налоговую 3 ндфл с вычетом в 250 тыс. рублей, однако позвонили из налоговой и сказали, что отказано в предоставлении данного вычета.
Насколько это правомерно?

 

[yagodka_8408]

Возможно ли применить нулевую ставку в связи с владением доли более 5 лет? Или это применимо только для долей с 01.01.2011 года?