Я всегда при таких регистрациях прикладываю как правоустанавливающий документ (например, акт о слиянии и поглощении), так и выписку из реестра в отношении правопреемника для того, чтобы показать, что процесс правопреемства завершился. В выписке - как минимум в исторической части - сделки, связанные с приобретением и отчуждением долей, отображаются подробно, в том числе с указанием даты правопреемства.
Мне кажется, сотрудница налоговой пыталась до Вас довести эту же мысль. Из упомянутых Вами документов, как мне кажется, не следует, что правопреемник полностью заменил собой ликвидированное лицо - и тем самым, в том числе, вступил права на долю в ООО. То, что он принял решение о начале ликвидации и подписал акт приема-передачи вовсе не означает, что он внес соответствующие изменения в реестр (в этой стране, скорее всего, право на долю переходит с момента регистрации).
Из этого следует и обратный вывод: если Ваш акт о передаче прав на долю содержит отметку о его депонировании при регистрационном органе, то Вы сможете обжаловать отказ.