Ссылаются на ФЗ от 08.08.2001 № 129-ФЗ, статья 23 Отказ в государственной регистрации:
...
г) несоблюдения нотариальной формы представляемых документов в случаях, если такая форма обязательна в соответствии с федеральными законами;
...
Тут написано "создание юридического лица", значит подавали форму Р11001? Может её у нотара заверили, а он косячнул с оформлением, с удостоверительной надписью. Или действительно ЭЦП Ген.дира, а должна быть ЭЦП учредителя, и это разные лица.