Опять начну с ликбеза.
1. Права на интеллектуальную собственность бывают отчуждаемые и неотчуждаемые. К неотчуждаемым относятся Право авторства, право на имя и иные личные неимущественные права - п. 2 ст. 1228 ГК РФ. Остальные исключительные права связанные с объектом интеллекутальной собственности отчуждаемы.
2. Далее читаем п. 3 этой же статьи 1228 ГК РФ - исключительное право на результат интеллектуальной деятельности, созданный творческим трудом, первоначально возникает у его автора. Это право может быть передано автором другому лицу по договору, а также может перейти к другим лицам по иным основаниям, установленным законом. То есть, чтобы при регистрации патента у ООО возникало право на его использование как правообладателя, изначально между ООО и автором должен был быть договор, по которому Автор передает все отчуждаемые исключительные права на патент ООО. При регистрации Патента, этот договор не спрашивают, но априори подразумевается что он есть. В том числе в это договоре может быть и условие о регулярном перечислении вознаграждения от ООО Автору.
И не имеет никакого значения что автор и единственный учредитель это одно и то же лицо, так как это разные правовые субъекты ООО, пусть и в лице директора-автора и автор как физ лицо.
