А еще неплохо бы выяснить, не давал ли директор кому-нибудь флэшку с ЭЦП и что там за ЭЦП. Если "Джакарта", то вполне возможно кто-то сделал ее копию - эмулятор. С "Джакартами" такое прокатывает.
Любой носитель можно скопировать, хоть Рутокен, хоть Джакарту, делается копия и прекрасно работает.
А вот, что вторую ЭЦП сделали, это вариант наиболее вероятный, запросить нужно именно информацию о корректировочных отчетах:
- сами отчеты
- как были поданы (на бумаге или по ТКС)
- издатель ЭЦП
- доверенность, если была приложена (к бумажному варианту обязательная, если в электронная подача с другой ЭЦП на директора, то доверки может и не быть)
- квитанцию об отправке и извещение о вводе.
Имея всю эту информацию или часть ее, можно обращаться в налоговую с заявлением о признании недействительной информации об отчетах направленных не с Вашей ЭЦП.
Возможно стоит и в милицию обратиться в ОБЭП, но сначала нужно будет к издателю фиктивной ЭЦП, с Требованием отозвать сертификат и запретить издание нового без личного присутствия директора. И от них так же запросить данные о том, кто приходил заказывать и получать ЭЦП, как платили, копии доверенности и паспорта, копии платежных документов, все это пригодится....