Никаких запретов нет, связанных с наличием доли в банкроте проблем не будет (если только к субсидиарке основное общество не привлекут или сделки с ним не оспорят).
Если хотите сделать совсем все правильно, и к моменту составления ЛБ процедура банкротства дочки еще не завершится - передайте долю дочки участникам основного общества.