не могу полностью согласиться...
п. 12 ст. 9 ФЗ от 26.11.2008 N 224-ФЗ - переходные положения:
При осуществлении с 1 января 2009 года товарообменных операций, зачетов взаимных требований, ...при приобретении им товаров..., принятых к учету до 31 декабря 2008 года включительно, подлежат вычету в соответствии с главой 21 Налогового кодекса Российской Федерации в редакции, действовавшей на дату принятия к учету указанных товаров (работ, услуг), имущественных прав.
Письмо ФНС РФ от 23.03.2009 N ШС-22-3/215@ - расписано по пунктам кому, когда...
другой вопрос, что арбитраж на вашей стороне