Лично конечно директора подают, но не обязательно их одновременно туда тащить и все сразу подавать. Можно делать последовательно, сначала подать Р16001 с необходимым к-вом доков диретором конторы, которая прекращается, а потом после того как получите свидетельство о прекращении (есть вероятность что с первой попытки не получите) после этого хоть через месяц хоть через два, когда вам будет удобно, подать Р13001 и Р14001 с уставами и т.п. директором той фирмы к которой присоединяются. В таком ключе постановочка выглядит уже не так грустно.