почему нет? в этом нет ничего невозможного ни с практической точки зрения, ни с теоретической, так как "филиал" - это понятие гражданско-правовое, а "обособленное подразделение" - в данном случае понятие налоговое.
Сейчас, так понимаю, фирма стоит на учете в налоговых органах в связи с наличием территориально обособленных рабочих мест.
Потом можно принять корпоративное решение о создании филиала, утверждении положения, назначении директора и соответственно внесении изменений в Устав. При этом налоговую ни о чем уведомлять не нужно, так как перед ней вы все обязанности уже исполнили.
Делал так уже несколько раз. Но согласен что и в налоговой (да и среди юристов) единого понимания сути вопроса нет. Поэтому для перестраховки можно действительно поступить как предложил vuulkanII.