Ваш нотариус прав. Сама подача формы в налоговую после удостоверения сделки - не нотариальное действие. Но важный момент - это касается подачи этого заявления в налоговую.
Нотариальное действие - это удостоверение акцепта.
В рамках действующего закона об ООО, нотариус сам отправляет форму в налоговую за своей подписью (т.е. без совершения нотариального действия). Лет 5 назад в таких случаях нотариусу делали нотариальное действие (свидетельствовали подлинность подписи и передавали заявление в налоговую). Теперь - нет.