По идее, если вы уже привели устав в соответствие, то для смены наименования нужно было использовать старую, утвержденную форму 13-ю.
По поводу прохождения перерегистрации еще раз - самому интересно, возможно ли это, т.к. свои документы подавал 02/07 и в итоге не получил свидетельство о том что в том числе изменения в уч.документы внесены в связи с приведением в соответствие с 312-ФЗ.