Ситуация понятная и рискованная, с Вас, по сути, в любой момент могут взыскать неосновательное обогащение - товар не поставили, а деньги уже получили, будут говорить, что это было авансирование.
Чтобы обезопасить себя в этом случае, что надо сделать:
1) Офиц. письма им с исходящим и датой, там пишите хронологию - товар был поставлен тогда-то тогда-то. Подтверждается (чем, объяснения лиц, данные какие-то другие, чем ещё можете подтвердить?), в связи с чем за него была получена оплата (напишите, что там в назначении платежа написано? Оплата по счету за товар? Или есть слово Аванс? это тоже будет иметь значение для суда, вдруг, потом). И там же пишите, однако, экземпляр поставщика возвращен обратно не был. На основании вышеизложенного, просим Вас в течение (например) 30 календарных дней обеспечить подписание дубликата накладной и её возврат в адрес поставщика, почтовый адрес такой-то. Смотрите за реакцией
2) Пока не получена накладная-есть риск, что они подадут на неосновательное обогащение иск сами. Вот именно для этого нужны все письма (с чеками почты, остлеживанием) сколько раз вы обращались к ним и доказательства передачи товара (кроме накладной, чем и как подтвердить? объяснения лиц, кто передавал, данные GPS машин, кто возил и пр.). Объективно, такой риск есть - вопрос, если доводы у вас приличные - то они и заявлять его не будут, надо ещё смотреть их судебную практику - посмотрите, они уже судились по такой же тематике с кем-то?
Бывает показательно узнать намерения по прошлым судебным делам