Попробуйте обратиться к нотариусу для удостоверения тождественности электронного документы, тогда у вас будет бумажный нотариальный документ. Но насколько знаю, не очень они любят это дело, именно электронные документы ЦБ.
Поэтому не подаю электронно, на этапе регистрации изменений в устав после допэмиссии будет опять проблема с электронным отчетом об итогах допвыпуска. При этом если вы начали выпуск подавать электронно, то и отчет тоже должны подавать электронно.
Еще есть вариант, распечатывайте ДСУР без отметок и распечатывайте проверку ЭЦП Банка России и эмитента. Как в регистраторе обычно делают в таком случае