Компания должна вступить в СРО из своего региона, работать например в Московским СРО, она может в любом регионе.
В Вашем случае всё верно сказали, они переехали в Москву, со старой СРО их должны исключить, в новую они должны вступить оплатив заново все взносы, но работать они могу в том же регионе где и работали ранее, но состоять они будут при этом в Московской СРО.