Индексация по 208 ГПК рассчитывается по росту индекса потребительских цен, определенных Территориальным органом Федеральной службы государственной статистики.
Индексация это компенсация за то, что ранее присужденная судом сумма (при чем не важно из чего она состоит - тело долга, проценты, штрафные санкции (в т.ч. по 395) и т.п.) с момента вступления решения суда в силу и до момента обращения за индексацией, не уплачивается, а потому подвергается инфляции.
Т.е. присужденная ранее взыскателю сумма будет увеличена на процент местной инфляции.
395 ГК, а равно договорная неустойка (пени, штрафы) не обусловлена проведением индексации.
Проценты по 395 ГК начисляются можно с момента когда у должника истек крайний срок платежа, или (если уже 395 взыскивалась по суду) с момента, за который суд 395 еще не взыскивал. К примеру, суд мог взыскать 395 в размере по состоянию на дату вынесения решения суда, а то что "накопилось" после можно довзыскивать отдельно.
Только вот это довзыскание по 395 естественно должно начисляться на сумму долга без учета индексации.