Вот как раз тот случай, когда Заявителем будет иное лицо, действующее на основании полномочий.
Смотрите внимательно нпа о создании учреждения. Там всегда должно быть расписано на кого или на какой орган возлагается ответственность за совершение соответствующих организационно-распорядительных действий.