Может у вас какой пожар, потоп, ограбление в офисе было, а может не в офисе а по дороге директор куда с этими доками ехал да во что-нибудь, а может не директор а просто кто-то из сотрудников, попал и документы об этом происшествии есть вдруг ну и напишите об этом акт с приложением этого. Ну тогда может за форс-мажор зацепитесь.
Но были случаи, когда просто в запросе писали, что утерены документы, платили пошлину и ФСФР, она еще перечень чего-нибудь выкатывала (кстати и правила ведения реестра и копии рег. журналов в том перечне были) по этому перечню доки приносили и копии тогда после проверки переданных доков выдавали.